设备的清洁验证是在药品生产结束后，对药品生产企业制定的清洁消毒规程进行确认的过程。从设备，尤其是从设备直接接触药品的表面，清除可见以及不可见残留物，防止交叉污染，从而保证药品质量。
沸腾干燥机在清洁后检测的残留物包括活性成份、清洁剂（消毒剂）、微生物等控制在可接受标准内，就不会影响下批产品的质量。清洁验证就是检验清洁措施是否有效的重要手段。
清洁验证的基本内容包括预先制定清洁消毒规程、可接受标准的确定、检验方法的选择、清洁有效期的确定以及再验证等，下面就沸腾干燥机的清洁验证重点内容进行说明。
沸腾干燥机制药设备的材质是不锈钢，选择清洁剂时，确认清洁剂不会与带情节设备和设备部件（如密封圈、管口和管道等）发生化学反应；沸腾干燥机清洁消毒规程中清洁剂采用饮用水、纯化水，不需要考虑清洁剂的残留。消毒剂乙醇溶液无残留。
生产设备的结构不同，选用的清洗方法也就不同。清洗设备的常用方法在线清洗、非在线清洗、手工擦洗、压力喷淋、浸泡等。沸腾干燥机清洗方法采用手工擦洗、压力喷淋相结合的方法。
